BLAST

米国NIHによるスタンダードな核酸等の検索サイト。

16S rRNAを投げると、データベースから株レベルでリスト化される。研究レベルのレア菌検索向け。

 

DDBJ

日本のpublic database。核酸配列検索、登録など。初めての登録など日本語サポートしてもらえる。

DDBJ-BLASTもつかえる。

 

EZbiocloud

韓国のChun Labが運営する微生物解析サイト。昔からセンスがよくユーザーフレンドリー。

このサイトで16S rRNAのデータを投げると、菌種を列挙してくれる。臨床レベルでの検索向け。

 

CARD

薬剤耐性検索や核酸配列検索などができる。

CARDからのBLASTもあり。

 

Enterobase

タイピングサイト。英国Warwick Medical Schoolがサポート。

Enteroから始まり、いまではStreptococcus、Clostridioides、Moraxella、Helicobacterも。

 

BIGSdb

タイピングサイト。パスツール研究所が提供している。

抗酸菌やレプトスピラもある。

 

PubMLST

タイピングサイト。英国のOxford University発。PubMedとはたぶん関係がない。

たくさんの菌種に対応している。

 

Webribo

C. difficileのPCR robotypingのサイト。癖があるが、伝統的に使われている。